到达彩虹岛，首先需要完成一周目剧情并击败四大天王。通关后大木博士会来找你，如果图鉴收集超过60种，他会帮你升级为全国图鉴模式。之后前往枯叶市码头乘船到一之岛，在精灵中心与NPC对话得知需要红宝石修复机器。接着前往灯火山，在右侧洞穴击败火箭队余党后取得红宝石，交给NPC会获得彩虹通行证，解锁七岛之间的航行权限。
拿到通行证后继续探索四之岛，在冰洞深处用攀瀑技能找到冰天王科拿，协助她击败火箭队后得知五之岛仓库的情报。前往五之岛右侧空地击败火箭队成员，但仓库需要密码才能进入。需要转战六之岛，在标记森林深处通过特定路线（上→左→右→下）找到蓝宝石，却被NPC抢走并留下火箭队仓库密码。
带着密码返回五之岛仓库，击败内部头目夺回蓝宝石，再回到一之岛精灵中心完成机器修复。这时七岛航线完全开放，乘船到七之岛的训练师之塔可挑战强力NPC。若想前往隐藏的彩虹岛（8/9岛），需通过金手指代码：8岛输入02031CF0:0002，9岛输入02031CF0:3a02，进入任意房间后会传送到对应岛屿。
彩虹岛上的神兽分布明确，8岛可捕捉凤凰和洛奇亚，9岛通过推三角石头小游戏解锁代欧奇希斯。注意这些区域原本是官方活动限定，正常游戏无法到达，使用金手指可能影响存档稳定性，建议提前备份。整个探索过程需要合理搭配冲浪、攀瀑等秘传技能，并确保队伍中有足够强度的宝可梦应对突发战斗。
