合理的阵容搭配是通关和对战的关键。初始选择小火龙、妙蛙种子或杰尼龟作为御三家会直接影响前期战斗风格，小火龙的高攻击成长适合速攻，妙蛙种子的双抗均衡适合消耗战，而杰尼龟的防御属性则更偏向稳健推进。建议根据个人战术偏好选择，但需注意属性克制关系，例如选择小火龙需优先解决水系道馆的威胁。
中期阵容构建需要兼顾属性覆盖与技能组合。岩石系道馆后建议培养一只格斗系精灵如火爆猴或艾比郎应对普通系敌人，同时搭配飞行系的比雕或巴大蝴解决草系与虫系威胁。电系道馆前务必培养地面系精灵如三地鼠或铁甲犀牛，这类精灵能免疫电系伤害并反制。月见山获得的化石精灵（镰刀盔或菊石兽）也是中坚力量，前者物攻突出后者特防优秀。
后期神兽与准神兽的加入会显著提升队伍上限。闪电鸟、急冻鸟等传说宝可梦拥有极高种族值，但需注意其技能学习面较窄的问题。快龙、班吉拉等准神则需要长期培养，建议在游戏初期就规划好经验分配。超梦作为终极战力，其超能力系与高速度可担任清场手，但需搭配恶系或虫系队友弥补弱点。幽灵塔获得的鬼斯通进化后能有效克制超能力系敌人。
技能机与秘传技的合理分配不容忽视。居合斩、冲浪等秘传技建议交给工具宠，主力输出手应保留四个战斗技能位。TM28挖洞可赋予地面系精灵先制优势，TM24龙息则能补充龙系打击面。注意技能PP值与威力平衡，例如水炮虽威力强大但命中率与PP值较低，更适合BOSS战而非持久战。
不同野怪提供的努力值类型各异，例如小拉达提升速度，大岩蛇提升防御。建议在通关后集中刷取特定属性，冠军之路的野生宝可梦等级较高，适合同时获取经验与努力值。注意队伍中不要出现努力值分配冲突的精灵，例如物攻手与特攻手不应共享同一套培养方案。
