口袋妖怪火红通关冠军联盟后，游戏进程并未结束，应优先返回真新镇与大木博士对话。他会要求玩家完成图鉴收集任务，这是触发二周目剧情的关键步骤。建议立即检查当前宝可梦图鉴的完成度，未捕获的宝可梦需前往特定区域补全，例如急冻鸟需在双子岛最深处用高级球捕捉，超梦则需持有大师球前往华蓝洞窟。完成60种以上宝可梦的捕获后，博士会升级图鉴为全国图鉴，解锁关都地区以外的宝可梦分布。
开启全国图鉴后，需前往枯叶市码头乘坐圣安奴号前往七之岛。这是二周目的核心区域，包含七个全新岛屿的探索内容。在第一个岛屿的宝可梦中心可领取神秘船票，用于触发代欧奇希斯事件。岛屿三的回忆之岛能学习遗忘技能，岛屿四的冰瀑洞窟可捕获铁哑铃等稀有宝可梦。特别注意岛屿七的训练家之塔，战胜所有训练师后可获得闪光暴鲤龙，该区域也是提升队伍等级的重要场所。
队伍培养方面，建议将主力宝可梦等级提升至75级以上以应对二周目更高难度的战斗。冠军之路和石英高原的训练家可重复挑战，这是效率较高的练级地点。技能搭配需重新优化，推荐让至少两只宝可梦掌握冲浪、攀瀑等秘传技能以便探索新区域。个体值与努力值的培养显得尤为重要，可通过四岛的小水怪或三号岛土龙系统性地刷取努力值。
隐藏要素的探索是通关后的重点内容。彩虹游戏厅的火箭队基地地下四层可再次挑战坂木，胜利后获得银色羽毛。紫苑镇精灵塔顶层解救富士老人后，返回其住所可获得神奇笛子用于唤醒卡比兽。华蓝市自行车道下方的隐藏洞穴内有闪电鸟栖息，需使用碎石技能进入。这些隐藏事件不仅能丰富图鉴，还能获取珍贵道具。
最后建议定期检查重要道具栏，确保持有所有秘传学习器和关键物品。船票、代币盒、探宝仪等道具直接影响后续探索进度。若遇到剧情卡顿，可尝试与各城镇的博士助手对话触发任务提示。整个二周目流程约需20小时，合理规划探索路线能显著提升效率。
