在完成彩虹市的剧情后，玩家应优先前往位于城市西侧的16号道路。这条道路被一棵小树阻挡，需使用居合斩技能清除障碍。继续向西行进会抵达一处关卡，守卫因口渴而禁止通行，需返回彩虹大厦一楼获取老奶奶赠送的茶，将茶交给守卫后即可通过。通过关卡后沿道路前进可抵达山吹市，该区域分布着大量训练师和野生宝可梦，建议提前准备恢复道具。
接下来需要进入山吹市的希鲁佛公司总部大楼。大楼内部结构复杂，需在五楼下方区域寻找钥匙卡以开启电子门。九楼设有宝可梦恢复点，可充分利用。抵达顶楼后与火箭队首领坂木交战，胜利后获得大师球。离开大楼后向北行进，左侧存在一座格斗道馆，挑战成功后可在沙瓦郎与艾比郎之间选择一只作为奖励。山吹市的主道馆采用超能力属性阵容，馆主娜姿的传送装置位于左上角左下位置，击败她后获得黄金徽章。
返回彩虹市东侧的7号道路，通过地下通道可快速抵达紫苑镇。紫苑镇的宝可梦塔是必经之地，塔内幽灵系宝可梦需使用在彩虹市游戏厅击败火箭队后获得的幻影透视镜才能看见。塔顶遭遇的嘎啦嘎啦是剧情关键，击败后完成紫苑镇主线。可唤醒之前被卡比兽阻挡的道路，使用宝可梦笛子移开11号道路与12号道路交界处的卡比兽，继续向南探索。
最终目标为前往红莲岛，需从枯叶市码头乘坐圣安奴号游轮。登船前确保已解决枯叶道馆的机关谜题，该道馆需连续调查特定垃圾桶触发开关。船长室获取的居合斩技能是推进剧情的必要工具。红莲岛的道馆采用火焰属性阵容，馆主夏伯的战斗结束后将获得进入冠军之路的资格。游戏中期关键路线已基本覆盖，后续可着手准备联盟挑战。
